Pelaksanaan KSN dengan sistem daring baru pertama kali dilaksanakan. Demi kelancaran prosesnya, panitia berharap, orang tua dapat bekerja sama untuk mengawasi anak-anaknya agar jujur dalam berkompetisi.
KSN tingkat provinsi untuk jenjang SMA dilaksanakan secara daring, dari tanggal 9 hingga 15 Agustus 2020. Peserta KSN mengerjakan soal-soal yang diujikan secara daring dengan gawai yang terhubung ke Internet. Bidang lomba dalam KSN meliputi sembilan bidang yaitu Matematika, Fisika, Kimia, Informatika/Komputer, Biologi, Astronomi, Ekonomi, Kebumian, dan Geografi.
Peserta KSN tingkat provinsi adalah siswa SMA/sederajat yang telah ditetapkan sebagai pemenang KSN tingkat kabupaten/kota oleh Kepala Dinas atau Kepala Cabang Dinas Pendidikan Provinsi. Dari pelaksanaan seleksi tingkat provinsi ini, akan dijaring peserta KSN tingkat pusat.
Siswa melakukan ujian secara daring melalui alamat URL http://sma.pusatprestasinasional.kemdikbud.go.id/ksn/. Pada hari Senin (10/8), bidang yang dilombakan adalah Fisika dan Biologi, pada hari Selasa dilombakan Matematika dan Kimia, pada hari Rabu diujikan Informatika dan Astronomi, hari Kamis diujikan Geografi dan Kebumian,dan pada hari Jumat diujikan Ekonomi.